Martin Bako sa narodil v roku 1980 v Banskej Bystrici. Základnú umeleckú školu navštevoval v Žiari nad Hronom a v Nových Zámkoch v odbore klavír. Hre na organe sa venoval ako samouk, neskôr začal študovať súkromne. Po odporúčaní popredného írskeho organistu profesora Geralda Gillena, ktorý ocenil jeho talent sa rozhodol venovať štúdiu organa profesionálne. Štúdium hry na organe absolvoval na Hudobnej a tanečnej fakulte VŠMU v Bratislave v triede profesora Jána Vladimíra Michalka. Popri interpretácii organovej literatúry sa aktívne venuje štúdiu organovej improvizácie. Svoje improvizačné schopnosti nevyužíva len pri liturgickej hre, ale aj koncertne.
Ako interpret sa predstavil na medzinárodných organových festivaloch doma i v zahraničí. Ako organista združenia mladých umelcov Harmonia Seraphica, ale aj ako samostatný sólista vystupoval v mnohých slovenských mestách. V rokoch 2001 – 2004 pracoval ako organár v reštaurátorskej dielni Jána Valoviča zo Serede. Počas tohto obdobia sa podieľal na opravách významných slovenských historických organov. V rokoch 2005 – 2007 vyučoval hru na organe na Základnej umeleckej škole v Skalici. Ako člen predsedníctva Spoločnosti priateľov organa aktívne prednáša na stretnutiach združenia. Spolupracoval so Slovenskou filharmóniou, Štátnou filharmóniou Košice a Slovenským komorným orchestrom Žilina. Od roku 2008 je organistom Metropolitnej katedrály sv. Martina v Bratislave, kde spolu so Stanislavom Šurinom inauguroval v r. 2010 nový organ sv. Alžbety.